U pacjentów z FH najczęściej nie udaje się osiągnąć pożądanego poziomu LDL-C  przy pomocy interwencji niefarmakologicznych i konieczne jest włączenie leków. Jest mało prawdopodobne, że u osób z wyjściowym LDL-C ≥ 130mg/dl do osiągnięcia docelowego LDL<100mg/dl wystarczy jedynie modyfikacja stylu życia. Dlatego jednocześnie należy u nich wprowadzać leczenie farmakologiczne. We wszystkich badaniach w wyselekcjonowanej populacji chorych z FH wykazały korzyści w postaci zmniejszenia blaszek miażdżycowych lub zahamowania progresji miażdżycy jedynie przy agresywnej terapii hipolipemizującej. 
Lakami pierwszego rzutu w leczeniu FH są inhibitory HMG-CoA - statyny.
Przy wprowadzaniu leczenia należy uprzedzić pacjenta, że powinno ono trwać do końca życia.

Rozpoczęcie leczenia

Wszyscy mężczyźni powyżej 18 roku życia oraz kobiety powyżej 30 roku życia powinni otrzymywać leki w celu obniżenia poziomu LDL-C do wartości zalecanych. Nie należy powoli zwiększać dawek, szczególnie u pacjentów wysokiego ryzyka.

Statyny
Lekami pierwszego rzutu w leczeniu pacjentów z FH są statyny. Statyny hamują reduktazę HMG-CoA regulującą szybkość syntezy cholesterolu w komórkach, co powoduje zmniejszenie stężenia LDL-C w osoczu. Prowadzi to do zmniejszenia jego zawartości w wątrobie, czego następstwem jest zwiększenie ekspresji receptora dla LDL, co z kolei powoduje zmniejszenie stężenie LDL-C w osoczu.
U pacjentów z FH najczęściej stosuje się tzw. silne statyny- simwastatynę,  atorwastatynę i rozuwastatynę.
Statyny należy przyjmować podczas wieczornego posiłku lub przed snem.
Statyny powodują zmniejszenie stężenia LDL-C o 18-55%, wzrost stężenia HDL o 5-15% oraz zmniejszenie poziomu TG o 7-30%. Stężenie LDL-C zmniejsza się wykładniczo w zależności od dawki statyny, zatem każde jej podwojenie skutkuje zmniejszeniem LDL-C o około 6%.
W badaniach nad statynami udokumentowano zmniejszenie częstości zgonów z powodu choroby wieńcowej, zgonów z dowolnej przyczyny, zawału serca, zabiegów rewaskularyzacyjnych, udaru mózgu i choroby tętnic obwodowych. Efekt ten występował zarówno w prewencji pierwotnej jak i wtórnej.

U pacjentów hospitalizowanych z powodu ostrych zespołów wieńcowych należy wykonać lipidogram oraz włączyć statynę. Pomimo, że LDL-C może się zmniejszyć o około 10% w ostrej fazie choroby, nie powinno to wstrzymywać rozpoczęcia leczenia. Przede wszystkim należy wykonać pomiar stężenia LDL-C u wszystkich chorych, najlepiej w ciągu pierwszych 24 godzin. Stężenie LDL-C się zmniejsza po upływie pierwszych 24-48 godzin od incydentu i może się utrzymywać na niskim poziomie przez wiele tygodni. Włączenie statyn jeszcze w szpitalu wiąże się ze spadkiem ryzyka wystąpienia kolejnych zdarzeń wieńcowych oraz umieralności z wszystkich przyczyn.

Przed włączeniem statyn należy wykonać wyjściowe oznaczenie poziomu enzymów wątrobowych włącznie z transaminazami oraz kinazy keratynowej. Jednak osób z podwyższonym poziom enzymów wątrobowych lub mięśniowych nie powinno się dyskwalifikować z leczenia statynami.
Statyny są dobrze tolerowane przez większość pacjentów. Wzrost aktywności aminotransferaz występuje w 0,5-2% przypadków i zależy od dawki. Nie ustalono, czy wzrost aktywności aminotransferaz podczas leczenia statyną jest rzeczywiście wyrazem jej toksycznego działania na wątrobę. Po zmniejszeniu lub nawet kontynuacji tej samej dawki często się obserwuje normalizację aktywności aminotransferaz. U osób, u których poziom aminotransferaz w surowicy wzrośnie, należy to potwierdzić powtórnym oznaczeniem, a następnie często wykonywać badania czynności wątroby do czasu jej normalizacji. Wzrost aminotransferaz ponad trzykrotnie powyżej górnej granicy normy jest wskazaniem do odstawienia leku. Według zaleceń ATP III po przerwaniu leczenia statyną aktywność aminotransferaz rzadko ponownie się zwiększa przy kolejnej próbie stosowania tej samej lub innej statyny. Nie ma dowodów na szkodliwość statyn u pacjentów ze stłuszczeniem wątroby spowodowanym otyłością. Statyny mogą też powodować miopatię. Najlepszym wskaźnikiem miopatii wywołanej przez statyny jest zwiększona aktywność kinazy kreatynowej (CK) w surowicy. Niespecyficzne bóle mięśni są objawem częstym i przy braku podwyższenia CK nie należy każdych tego typu dolegliwości przypisywać statynie. Istotna klinicznie miopatia charakteryzuje się bólem lub osłabieniem mięśni i zwiększeniem aktywności CK, na ogół ponad 10-krotnie przekraczającym górną granicę normy. Jest to wskazanie do natychmiastowego odstawienia leku, gdyż może prowadzić do rabdomiolizy i niewydolności nerek. Ryzyko wystąpienia miopatii jest największe u osób z licznymi chorobami oraz przyjmujących wiele leków. U pacjentów bez objawów miopatii rutynowe monitorowanie aktywności CK ma niewielką wartość i nie jest zalecane.

Po około 6 tygodniach od włączenia statyny należy skontrolować skuteczność leczenia i w razie potrzeby zmodyfikować dawkę. Po ustaleniu odpowiedniej dawki powinno się kontrolować lipidogram co około 6 miesięcy.

Przy wprowadzaniu leczenia hipolipemizującego po raz pierwszy u dziewczynek i młodych kobiet, należy omówić ryzyko uszkodzenia płodu w przypadku zajścia w ciążę w trakcie leczenia. Statyna powinna być odstawiona na co najmniej 3 miesiące przed planowaną ciążą. W przypadku zajścia w ciążę pacjentki przyjmującej statynę, lek należy niezwłocznie odstawić oraz skierować pacjentkę na konsultację ginekologiczną w celu oceny stanu płodu. Jedynymi lekami których stosowanie można rozważyć u kobiet w ciąży są żywice wiążące kwasy tłuszczowe.
Nie ma jednoznacznych informacji na temat ryzyka sercowo naczyniowego u kobiet z HF w ciąży. Pacjentki z homozygotyczną FH należy ocenić szczególnie pod kątem obecności stenozy aortalnej.
 
W czasie ciąży nie należy oznaczać lipidogramu ponieważ poziom TC i LDL-C wzrasta o około 30% zarówno u kobiet zdrowych jak i chorych na FH. Poziom cholesterolu jest jednak znacznie wyższy u kobiet z hipercholesterolemią rodzinną.

Ezetimib
Ezetimib jest selektywnym inhibitorem wchłaniania cholesterolu w jelitach. Hamuje wchłanianie cholesterolu z pokarmów oraz wchłanianie zwrotne kwasów żółciowych.
Stosowany w monoterapii obniża poziom LDL o około 17%. Dołączenie ezetimibu do statyny powoduje dodatkowe zmniejszenie LDL-C  o 14-25%.   Połączenie to jest dobrze tolerowane w szerokim zakresie dawek statyn. Pełne działanie hipolipemizujące występuje po 2 tygodniach stosowania.
Terapia skojarzona statyną i ezetimibem wskazana jest u pacjentów, u których nie się osiąga się docelowego obniżenia poziomu LDL-C przy stosowaniu maksymalnej dawki statyny lub gdy nie można jej zwiększyć bardziej ze względu na działania niepożądane oraz rozważono przejście na inną statynę.
Ezetimib w monoterapii wskazany jest w leczeniu pacjentów z przeciwwskazaniami do leczenia statynami lub w przypadku ich nietolerancji.
Ezetimib hamuje także wchłanianie steroli i stanoli roślinnych, nie powinny być więc stosowane jednocześnie.

Żywice jonowymienne
Żywice jonowymienne są grupą leków drugą po statynach pod względem skuteczności obniżania poziomu LDL-C. Żywice wiążą w jelicie kwasy żółciowe, co zmniejsza ich krążenie jelitowo-wątrobowe. W ten sposób, poprzez sprzężenie zwrotne, uruchamia się w wątrobie przemiana cholesterolu w kwasy żółciowe. Na skutek zmniejszenia zawartości cholesterolu w hepatocytach zwiększa się ekspresja receptora LDL, co z kolei zmniejsza stężenie LDL-C w surowicy. U niektórych pacjentów żywice mogą nasilać powstawanie VLDL w wątrobie,  co powoduje zwiększenie stężenia TG w surowicy.

Żywice wykazują działanie addytywne względem innych leków hipolipemizujących, szczególnie statyn. Dołączenie żywicy do statyny powoduje dodatkowe zmniejszenie poziomu LDL-C o 12-16%. 

Nie są wchłaniane z przewodu pokarmowego i nie wykazują toksyczności ogólnoustrojowej. Powodują jednak często objawy niepożądane ze strony przewodu pokarmowego (zaparcia, wzdęcia, nudności).
Ze względu na bezpieczeństwo leczenia monoterapię żywicą jonowymienną można rozważyć u osób w młodym wieku, kobiet planujących ciążę oraz w sytuacjach, gdy trzeba tylko umiarkowanie zmniejszyć stężenie LDL-C.

Obecnie żaden z preparatów nie jest dostępny w Polsce.

Kwas nikotynowy
Kwas nikotynowy/niacyna przyjmowane w dawkach farmakologicznych wpływają korzystnie na wszystkie frakcje lipidów i lipoprotein. Powoduje on spadek stężenia cholesterolu całkowitego, LDL-C i triglicerydów oraz wzrost stężenie HDL-C. Mniejsze dawki często zwiększają stężenie HDL-C, ale do zmniejszenia stężenia LDL-C o >=15% potrzeba na ogół 2-3 g leku dziennie. Kwas nikotynowy najskuteczniej ze wszystkich leków hipolipemizujących zwiększa stężenie HDL-C. Wydaje się, że kwas nikotynowy wpływa na stężenia lipidów poprzez hamowanie syntezy lipoprotein i ograniczenie wytwarzania VLDL w wątrobie oraz hamowanie uwalniania kwasów tłuszczowych z tkanek obwodowych.
Leczenie kwasem nikotynowym może się wiązać z wieloma objawami ubocznymi. Stosunkowo często powoduje zaczerwienienie skóry. Na ogół ma ono mniejsze nasilenie, gdy lek się przyjmuje podczas lub po posiłku albo poprzedza zażyciem kwasu acetylosalicylowego. Kwas nikotynowy może powodować objawy żołądkowo-jelitowe takie jak: nudności, dyspepsja, wzdęcia, wymioty, biegunka i nasilenie choroby wrzodowej. Do innych poważnych działań niepożądanych należą: hepatotoksyczność, hiperurykemia i dna moczanowa oraz hiperglikemia. U wielu pacjentów działania uboczne ograniczają długotrwałe stosowanie kwasu nikotynowego.
Preparaty kwasu nikotynowego o kontrolowanym uwalnianiu istotnie się różnią między sobą i należy przestrzegać pacjentów przed ich zamiennym stosowaniem.
Obecnie żaden z preparatów nie jest dostępny w Polsce.

Fibraty
Mają zastosowanie w hipercholesterolemii rodzinnej jedynie przy towarzyszącej hipertriglicerydemii.
U osób z hiperlipidemią mieszaną podczas leczenia fibratami obserwuje się jedynie niewielkie zmiany stężenia LDL-C, a u osób z hipertriglicerydemią na ogół się ono zwiększa. Fibraty zmniejszają stężenie triglicerydów o 25-50%. Najczęściej obserwuje się zwiększenie stężenia HDL-C o 10-15%.
W celu poprawy profilu lipidowego u osób z hiperlipidemią mieszaną fibraty można stosować w połączeniu z lekami zmniejszającymi stężenie LDL-C, ale nie ma danych z badań klinicznych, które by potwierdzały, że leczenie skojarzone zmniejsza ryzyko choroby wieńcowej. Leczenie fibratami umiarkowanie zmniejsza ryzyko choroby wieńcowej, a w prewencji wtórnej może także zmniejszać ryzyko udaru mózgu.

Stanole i sterole
Są substancjami pochodzenia roślinnego zmniejszają stężenie LDL-C poprzez hamowanie wchłaniania cholesterolu w jelitach. Mogą obniżyć poziom LDL o około 15%. Stosowane są w postaci dodatków do margaryn, jogurtów i soków.
Pacjentom decydującym się na stosowanie stanoli i steroli należy uświadomić, że są one skuteczne tylko jeżeli są stosowane regularnie.
Nie należy stosować stanoli i steroli jednocześnie z ezetimibem, ponieważ hamuje on ich wchłanianie w jelicie.

Kwasy omega-3 nienasycone
W dużych dawkach kwasy dokozaheksaenowy i eikozapentaenowy obniżają stężenie triglicerydów w surowicy poprzez zmniejszenie wydzielania przez wątrobę lipoprotein bogatych w triglicerydy. Mogą one być alternatywą dla fibratów lub kwasu nikotynowego w leczeniu hipertriglicerydemii, a szczególnie chylomikronemii. Dostępne są w postaci kapsułek zawierających olej rybi. Dawką dobową jest 3-12g kwasów omega-3 nienasyconych. Najczęściej ich zwartość w oleju rybim stanowi ok. 30%.

Pacjentom z FH nie należy rutynowo zalecać stosowania kwasów omega-3 nienasyconych.